das hatten wir hier im Forum schonmal. Ich weiß aber nicht mehr von wem. Die Lösung war eine Fuse-Einstellung die das EEPROM gegen Löschung blockiert. Dann kann es vom Progger nicht mehr zusammen mit dem Flash gelöscht werden.
Ja, das ist das Fusebit EESAVE. Hat aber nicht jeder AVR Mikrocontroller.