Wenn der Bootloader einen WDT auslöst, ist das dann wie ein richtiger Hardware Reset?
Ja, das ist dann ein "echter" Reset. Der Mikrocontroller initialisiert alle Register. Also mehr geht nicht.
Gerade den Bootloadercode habe ich mir zwar angesehen, allerdings die uart.c von Peter Fleury nicht, dies wird wohl in Ordnung sein.
Ich habe keine weiter Ideen
Du kannst eventuell zum Testen versuchen, auch den Bootloader zu minimieren. So würde ich wahrscheinlich vorgehen ...
(1) UART und Interrupt entfernen, nur ein Delay mit LED blinken im Bootloader. Und nach der zeit X WD-Reset und App starten.
wenn das geht
(2) Das selbe wie oben aber noch weitere Initialisierung dazu, zum Beispiel die Buffer definieren und diese füllen.
wenn das geht
(3) Das selbe wie 2 und noch IVT verbiegen und sei
wenn das geht
(4) UART wieder aktivieren, aber noch keine Kommandos senden, sondern nach der Zeit X WD-Reset und App starten
wenn das geht
(5) Wieder alles aktiviert und über Kommando Reset
Hier wäre interessant bei welchem Punkt das Problem Auftritt.
Eventuell liegt das Problem aber nicht (direkt) bei der Bootloadersoftware, sondern ganz woanders.
Versuche dich an die Fehlerquelle "heranzutasten".